Заместитель директора Центра передовых технологий, профессор Алишер Абдуллаев рассказал о процедуре, согласно которой в Узбекистане впервые был идентифицирован “Британский штамм” коронавируса.
- Процесс генетической идентификации британского штамма занял примерно 5 дней. Дело в том, что процесс довольно трудоемкий и так как сама методика была разработана нами самостоятельно, вернее специфические праймеры для анализа, требовалась отработка каждого этапа тестирования.Мы получили 33 образца мазков из носоглотки пациентов больных COVID-19, подозрительных на наличие британского штамма. На первом этапе РНК коронавируса всех полученных образцов была переведена в ДНК форму, известно, что вирус РНКовый и для дальнейшей работы с ним нужно было получить его ДНК форму.
Второй – этап скрининга на одну, так называемую маркерную мутацию «британского штамма» при помощи Real Time PCR реакции – эту методику мы разработали сами и впервые применили для анализа реальных пациентов, одновременно проводили оптимизацию методики, пришлось сделать серию повторных экспериментов, чтобы убедиться в том, что мы не ошиблись. На этом этапе мы уже “выловили” подозрительный образец, но нужно было убедиться в том, что ряд других мутаций, свойственных британскому штамму, присутствуют в образце.
Далее мы провели пробоподготовку к секвенированию (определению ДНК последовательности генов) - для этого участки генома коронавируса размножаются в искусственных условиях, очищаются, подготавливаются для секвенирования. Этот процесс наиболее трудоемкий, так как требует ручной постановки серии реакций. Далее заранее обработанные и подготовленные фрагменты ДНК помещаются в аппарат – секвенатор для непосредственного генетического анализа.
Секвенирование проводили при помощи генетического анализатора SeqStudio (Applied Biosystems, USA) приобретенного центром буквально несколько месяцев назад, именно с целью определения генетических последовательностей коронавируса, первые результаты были нами опубликованы еще летом. Для выявления британского штамма целевыми участками были выбраны мутации в кодирующем регионе ORF1ab и мутации в S гене штамма вируса.
Тут нужно сказать, что мы провели не одну, а серию анализов для каждой мутации отдельно, с необходимыми согласно методики повторами, анализ делался впервые по дизайну, разработанному нашей командой. Важно было не ошибиться.
И последний этап - компьютерная обработка результатов, сравнение с последовательностями в международных базах данных. Только после того, как мы подтвердили ряд мутаций, указывающих на принадлежность к британскому штамму – мы передали информацию в Министерство здравоохранения.
